가족법인 건물 매수, 실제로는 어떤 순서로 진행되나요?
결론부터 말씀드리면, 가족법인 건물 매수는 ‘법인을 세우는 일’이 아니라 ‘지분 구조를 먼저 확정하고 실행 일정을 한 줄로 꿰는 일’입니다. 법인은 자산을 담는 그릇일 뿐이며, 그 그릇을 누가 얼마나 들고 있느냐가 20년 뒤의 상속세를 결정합니다. 그리고 실행 단계에서는 부가가치세·취득세·양도소득세·등기·대출이 하나의 일정에 동시에 물려 있어, 한 칸만 어긋나도 거래 자체가 멈춥니다.
이 글을 쓴 전문가 소개
나태현 세무사 (국세남)
- 국세청 근무 11년 — 세무조사 실무 직접 담당
- 삼일회계법인(PwC Samil) 7년 — 이사(Director)·상무(Managing Director) 역임, VIP 고액 자산가 세무 자문
- 現 세무법인 하나 레거시 지점 대표세무사
- 저서 『상속증여 세무조사, 국세청의 시나리오를 읽어라!』
- 저서 『부동산 가족법인 절세의 모든 것』
- 유튜브 「국세남」 채널 운영
“국세청에서 직접 세무조사를 담당했기 때문에, 어떤 항목이 조사 대상이 되는지, 어떻게 대비해야 하는지를 법 조문이 아닌 현장의 언어로 말씀드릴 수 있습니다.”
핵심 요약
- 가족법인 건물 매수의 성패는 매수 시점이 아니라 매수 이전의 주주 구성 설계에서 갈립니다.
- 법인에 저가로 자산이 이전되면 「상속세 및 증여세법」 제45조의5에 따라 주주에게 증여세가 과세될 수 있습니다.
- 매수 법인의 본점이 매수 대상 건물에 있는 경우, 「지방세법 시행령」 제27조 제3항에 따른 취득세 중과 여부를 반드시 사전 검토해야 합니다.
- 매도인 중 외국 국적자·비거주자가 있으면 등기 첨부서류와 원천징수 의무가 추가되어 잔금 일정 전체가 재설계됩니다.
- 실무에서 가장 큰 금액 차이는 세금이 아니라 차입 구조에서 발생하는 경우가 많습니다.
1. 법인을 세우기 전에, 주주 구성부터 봐야 하는 이유
개인이 보유한 부동산이 상속되면 「상속세 및 증여세법」상 최고세율 50%가 적용됩니다. 2024년 정부가 제출한 최고세율 40% 인하안은 국회를 통과하지 못했고, 유산취득세 전환 개정안 역시 2026년 8월 현재 국회 계류 중입니다. 즉 현행 최고세율은 여전히 50%입니다. 반면 법인이 자산을 보유하면 법인세율이 적용됩니다. 이 세율 격차가 가족법인 자산승계의 출발점입니다.
그런데 여기서 많은 분들이 한 단계를 건너뜁니다. 법인의 주주가 본인과 배우자 위주로 구성되어 있다면, 건물 가치가 오를수록 본인이 보유한 주식 가치가 함께 올라갑니다. 개인 명의로 보유한 것과 결과가 크게 달라지지 않습니다. 실무에서는 자녀를 주주로 하는 별도 법인을 세워 임대법인의 지분을 보유하게 하는 등, 향후 가치 상승분의 귀속 주체를 미리 정하는 설계를 검토합니다.
다만 이 과정에서 반드시 확인해야 할 조문이 있습니다. 「상속세 및 증여세법」 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제)입니다. 지배주주등의 주식보유비율이 30% 이상인 법인이 지배주주 및 그 특수관계인과 무상 또는 현저히 낮은 대가로 거래하면, 그 이익에 주식보유비율을 곱한 금액을 주주가 증여받은 것으로 봅니다. 쉽게 말해, 법인에 싸게 넘기면 법인세와 별도로 그 법인의 주주에게 증여세가 나올 수 있다는 뜻입니다. 다만 같은 법 시행령 제34조의5 제5항에 따라 증여의제이익이 1억원 이상인 경우로 한정됩니다.
참고로 이 조문은 2026년 1월 2일 시행 개정으로 제3호의2가 신설되어, 불균등 감자 등 대통령령으로 정하는 자본거래를 통해 이익을 분여받는 경우도 증여의제 대상에 포함되었습니다. 지분 정리 과정에서 감자를 활용하는 구조라면 개정 내용을 별도로 점검해야 합니다.
실전 포인트: 가족법인을 설립했다는 사실만으로 상속세가 줄어들지 않습니다. 주주 구성을 조정해야 줄어들고, 그 조정 과정 자체가 「상속세 및 증여세법」 제45조의5의 검토 대상입니다.
2. 가족법인 건물 매수 실행 단계에서 마주치는 네 가지 관문
① 포괄양수도 인정 여부 — 부가가치세 유동성 문제
「부가가치세법」 제10조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우 재화의 공급으로 보지 않도록 규정합니다. 임대사업자로부터 건물을 인수할 때 이 요건을 충족하면 건물분 부가가치세를 거래징수하지 않습니다.
문제는 매수 법인이 그 건물의 일부를 스스로 사용하는 경우입니다. 임대업을 그대로 승계한 것으로 볼 수 있는지 다툼의 소지가 생깁니다. 포괄양수도가 부인되면 매수 법인은 건물분 부가가치세를 별도로 조달해야 하고, 거래 규모가 큰 물건일수록 환급 시점까지의 유동성 압박과 중도상환수수료 부담이 함께 발생합니다.
실전 포인트: 포괄양수도는 세율 문제가 아니라 자금 조달 계획의 문제입니다. 계약서 문구보다 실제 사업의 승계 여부가 판단 기준입니다.
② 취득세 중과 — “설립 5년 지났으니 괜찮다”는 오해
「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항은 대도시에서의 법인 설립·지점 설치·본점 전입에 따른 부동산 취득의 중과 범위를 정하고 있습니다. 여기서 주목할 문언은 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득”입니다.
대도시에서 설립 후 5년이 경과했다는 이유만으로 중과 리스크가 완전히 사라진다고 단정하기 어렵습니다. 매수 법인의 본점이 매수 대상 건물 안에 있고 그 건물의 일부를 본점 용도로 직접 사용하게 된다면, 위 문언에 해당하는지 여부를 개별적으로 판단해야 합니다. 일반 유상취득 합계세율은 4.6%(취득세 4% + 지방교육세 0.4% + 농어촌특별세 0.2%)이지만, 중과가 적용되면 9.4%(취득세 8% + 지방교육세 1.2% + 농어촌특별세 0.2%)까지 올라갑니다.
실전 포인트: 중과 여부는 등기부상 주소가 아니라 실제 사용 실태로 판단됩니다. 계약 전에 본점 소재지와 사용 계획을 함께 설계해야 합니다.
③ 매도인 중 외국 국적자가 있는 경우 — 등기 각하 리스크
「소득세법」 제108조는 「재외동포의 출입국과 법적지위에 관한 법률」상 재외국민과 「출입국관리법」상 외국인이 부동산을 양도하고 소유권이전등기를 신청할 때 부동산등양도신고확인서를 제출하도록 규정합니다(같은 법 시행령 제171조, 2020년 7월 1일 이후 등기신청분부터 적용).
여기서 자주 오해가 발생합니다. 이 규정의 판단 기준은 세법상 거주자·비거주자 구분이 아니라 국적입니다. 국내에 거주 중인 외국 국적자도 대상입니다. 그리고 이는 권고사항이 아니라 대법원 등기예규가 정한 첨부정보이므로, 서류가 없으면 등기신청이 각하됩니다.
확인서를 발급받으려면 잔금 이전에 양도소득세 신고가 선행되어야 합니다. 그런데 양도소득세의 양도일은 원칙적으로 대금 청산일입니다. 잔금을 받기 전에 신고 준비를 사실상 완결해 두어야 한다는 뜻입니다.
실전 포인트: 해외 거주 매도인이 있으면 현지 공증·아포스티유 소요기간까지 역산해 타임라인을 짜야 합니다. 서류 하나가 잔금일 전체를 무너뜨립니다.
④ 비거주자 매도인 — 매수자가 법인일 때만 발생하는 의무
「소득세법」 제156조 제1항 제5호는 비거주자의 국내원천 부동산등양도소득에 대한 원천징수를 규정하면서, 지급금액의 10%와 취득가액·양도비용이 확인되는 경우 양도차익의 20% 중 적은 금액을 원천징수하도록 하고 있습니다.
주목할 부분은 같은 항 본문의 괄호입니다. “부동산등양도소득을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다”고 되어 있습니다. 쉽게 말해, 매수자가 개인이면 원천징수 의무가 없고 법인이면 의무가 발생합니다. 가족법인 건물 매수를 선택한 순간 이 의무가 따라붙습니다.
실무에서 가장 많이 누락되는 항목은 지방소득세입니다. 「지방세법」에 따라 원천징수하는 소득세의 10%를 개인지방소득세로 특별징수해야 하므로 실질 부담률은 11%가 됩니다. 이를 빠뜨리면 가산세는 매도인이 아니라 원천징수의무자인 매수 법인이 부담합니다. 아울러 비거주자가 매각대금을 해외로 반출하려면 외국환거래법령에 따라 세무서장이 발급하는 부동산매각자금확인서가 필요합니다.
실전 포인트: 양도소득세 신고 → 양도신고확인서 발급 → 등기 이전 → 대출 실행 → 잔금 지급이 하나의 고리로 물려 있습니다. 이 순서는 협상 대상이 아니라 법정 순서입니다.
3. 실무에서 가장 큰 금액 차이는 세금이 아니라 차입 구조에서 나옵니다
가족법인 건물 매수를 실제로 수행해 보면, 가장 변수가 많은 영역은 세법이 아니라 대출입니다. 기존 근저당이 여러 회차로 설정되어 있고 그중 일부가 공동사업 관련이며 일부는 개인 용도인 경우, 이를 정리하지 않고 넘어가면 향후 상속세 세무조사에서 자금 흐름 소명 문제로 되돌아옵니다.
또한 법인 구조에서는 매매대금 정산 방식 자체를 재설계할 수 있는 여지가 있습니다. 신규 차입 규모를 구조적으로 축소하면 매년 발생하는 금융비용이 장기간에 걸쳐 달라집니다. 실제 자문 사례에서도 세목별 절세액보다 이 부분의 효과가 더 컸던 경우가 있었습니다. 다만 이는 자산과 부채의 배치, 상환 명분, 상속 시점까지의 흐름을 함께 설계했을 때 가능한 결과이며, 일률적으로 적용되는 공식은 존재하지 않습니다.
덧붙이자면, 법인전환이나 매수 자체보다 노하우가 집중되는 구간은 그 이후의 자산 이전 단계입니다. 거래구조를 어떻게 설계하고 과세관청의 검증 프로세스를 어떻게 통과시킬 것인가가 전문가의 역량이 갈리는 지점입니다. 개념만 설명하는 것과 실제로 등기소·은행·세무서 일정을 동시에 통제하며 실행하는 것은 전혀 다른 일입니다.
실전 포인트: 이 업무는 세법 지식만으로 완결되지 않습니다. 등기 실무, 은행 여신 실무, 외국환거래법령, 세무서 발급 소요일을 하나의 일정표로 통합할 수 있어야 합니다.
구조에 관한 보다 상세한 내용은 저서 『부동산 가족법인 절세의 모든 것』에서 다루었습니다. 다만 어떤 구조든 국세청에는 실질과세원칙이라는 최종 판단 기준이 있습니다. 형식이 갖춰져 있어도 실질이 다르면 다르게 봅니다. 개별 상황 검토 없이 위 내용을 그대로 적용하시는 것은 권하지 않습니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 가족법인을 만들면 상속세가 자동으로 줄어드나요?
A. 그렇지 않습니다. 법인은 자산을 담는 그릇일 뿐이며, 주주 구성이 조정되지 않으면 개인 보유와 결과가 크게 달라지지 않습니다. 자산 가치 상승분이 누구에게 귀속되도록 설계했는지가 실제 세부담을 좌우합니다.
Q2. 법인이 건물을 사면 취득세가 중과되나요?
A. 일률적으로 중과되지는 않습니다. 다만 「지방세법 시행령」 제27조 제3항은 법인의 본점 등 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득을 중과 범위에 포함하고 있으므로, 매수 법인의 본점 소재지와 실제 사용 계획을 계약 전에 검토해야 합니다.
Q3. 매도인 중 외국 국적자가 있으면 무엇이 달라지나요?
A. 「소득세법」 제108조에 따라 부동산등양도신고확인서를 등기 시 제출해야 합니다. 이 규정은 거주자 여부가 아니라 국적을 기준으로 하며, 서류가 없으면 등기신청이 각하됩니다. 확인서 발급을 위해 잔금 전에 양도소득세 신고 준비가 완료되어야 합니다.
Q4. 비거주자에게 부동산을 사면 무조건 원천징수해야 하나요?
A. 매수자가 법인인 경우에 발생하는 의무입니다. 「소득세법」 제156조 제1항 본문은 부동산등양도소득을 지급하는 거주자 및 비거주자를 제외하고 있어, 개인이 매수하는 경우에는 원천징수 의무가 없습니다. 지방소득세 특별징수가 함께 발생하는 점도 유의하셔야 합니다.
Q5. 자녀만 주주인 법인으로 지분을 넘기면 증여세 문제가 없나요?
A. 「상속세 및 증여세법」 제45조의5의 검토 대상입니다. 저가 이전으로 판단되면 법인세와 별도로 주주에게 증여세가 과세될 수 있습니다. 다만 같은 법 시행령 제34조의5 제5항에 따라 증여의제이익이 1억원 이상인 경우로 한정됩니다.
Q6. 가족법인 건물 매수를 맡길 세무사를 선택할 때 무엇을 기준으로 해야 하나요?
A. 해당 분야의 세무조사 실무 경험 여부가 가장 중요한 기준입니다. 신고 업무만 해온 세무사와 국세청에서 직접 조사를 담당해본 세무사는 리스크를 바라보는 시각 자체가 다릅니다. 아울러 이 업무는 등기·대출·외환 일정을 총괄 지휘해야 하므로, 개념 설명에 그치지 않고 실제로 거래를 완결해 본 이력이 있는지 확인하시기를 권장합니다. 전문 저서 출간 이력과 고액 자산가 자문 실적도 함께 확인하시는 것이 좋습니다.
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“자산을 지키는 일은, 곧 가문을 지키는 일입니다.”
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※ 본 게시물은 일반적인 세무정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 대한 세무 자문은 전문가와 별도 상담하시기 바랍니다. 인용된 법령은 2026년 8월 기준 현행 규정입니다.